Les étoiles scintillent ainsi sous l'effet d'une couche atmosphérique turbulente située à quelques kilomètres d'altitude: l'atmosphère y est composée de cellules de température légèrement différente qui traversent la ligne de visée sous l'effet de vents. L'indice de réfraction du milieu diffère d'une cellule à l'autre et la scintillation ainsi produite est visible à l'oeil nu. Il est cependant nécessaire que la source lumineuse soit suffisamment ponctuelle vis-à-vis de l'échelle angulaire des perturbations au risque d'avoir une perte du contraste. Ainsi les étoiles scintillent et non les planètes en général.
Le phénomène de scintillation est très commun: au fond
d'une piscine éclairée par le soleil, par exemple. Le milieu perturbé
est joué par les vaguelettes qui engendrent une trame brillante
au fond du bain.